El Motagua nació para ser uno de los grandes protagonistas del fútbol hondureño. La FIFA reconoce a Motagua como uno de los dos clubes hondureños que figuran entre el listado de «clubes clásicos del mundo», al igual que su acérrimo rival Olimpia. En la década de los 70 se tocó fondo al descender a la Tercera División en la temporada 1973/74, que en ese momento era la categoría de bronce del fútbol español al no existir Segunda División B, actualmente Primera Federación.
